1、安装夹心式垂直板电泳槽：夹心式垂直板电泳槽两侧为有机玻璃制成的电极槽，两电极槽中间有一凝胶模，该模由ㄩ形硅胶框，长、短玻璃板，模板梳组成，电泳槽由上贮槽(白金电极面对短玻璃板)，下贮槽(白金电极面对长玻璃板)和回纹冷凝管组成，两电极槽与凝胶模间靠贮液槽螺丝固定，其组装顺序为： 
①装贮槽和固定螺丝销钉； 
②将洗净的长、短玻璃板分别插到ㄩ形硅橡胶框的凹形槽中，注意不要用手接触灌胶面的玻璃； 
③将已插好玻板的凝胶模夹到贮槽中，短玻璃板应面对上贮槽，长玻璃板应面对下贮槽，双手以对角线的方式旋紧螺丝帽； 
④竖直电泳槽，用滴管吸取少量的1%琼脂糖溶液，灌入凝胶模板底部(长玻璃板外侧，下沿凹形小槽内)，液面高度约0.5～1.0cm,待琼脂糖凝固后,即堵住凝胶模下面的窄缝(通电时又可作为盐桥)。
 
2、配胶：根据所测蛋白质分子量范围，选择适宜的分离胶浓度。

3．制备凝胶板： 
   （1）分离胶制备：按表配制20ml 10%分离胶，混匀后用细长头滴管将凝胶液加至长、短玻璃板间的缝隙内，约8cm高，用1ml注射器取少许蒸馏水，沿长玻璃板板壁缓慢注入，约3—4mm高，以进行水封。约30min后，凝胶与水封层间出现折射率不同的界线，则表示凝胶完全聚合。倾去水封层的蒸馏水，再用滤纸条吸去多余水分。 
   （2）浓缩胶的制备：按表配制10ml 3%浓缩胶，混匀后用细长头滴管将浓缩胶加到已聚合的分离胶上方，直至距离短玻璃板上缘约0.5cm处，轻轻将样品槽模板插入浓缩胶内，避免带入气泡。约30min后凝胶聚合，再放置20—30min。待凝胶凝固，小心拔去样品槽模板，用窄条滤纸吸去样品凹槽中多余的水分，将pH8.3 Tris-甘氨酸缓冲液倒入上、下贮槽中，应没过短板约0.5cm以上，即可准备加样。
n4．加样  
一般加样体积为10－15μL（即2－10μg蛋白质）。如样品较稀，可增加加样体积。用微量注射器小心将样品通过缓冲液加到凝胶凹形样品槽底部，待所有凹形样品槽内都加了样品，即可开始电泳。 
n5．电泳